したっぱ昆虫細胞研究者のメモ

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2013年 12月 12日

gen. pre.

genome.fasta->geneprediction.gff->codingseq.fasta

export AUGUSTUS_CONFIG_PATH=~/tools/augustus/augustus-2.4/config/

~/tools/augustus/augustus-2.4/src/augustus --cds=on --codingseq=on --species=homo_n0rr homo_n0rr.fasta > homo_n0rr.gff

more homo_n0rr.gff | grep "#" | tr -d "#" | tr -d " " | sed -e 's/startgene/startgene@/g' -e 's/endgene/endgene@/g' | tr -d "\n" | tr "@" "\n" | grep endgene | tr "]" "[" | sed -e 's/coding/[coding/g' | tr atcg ATCG | awk -F "[" '{print ">augustus_hn_"$1"\n"$3}' > codingseq_homo_n0rr.fasta

#$5でpepseq

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by koretoki | 2013-12-12 01:13


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