したっぱ昆虫細胞研究者のメモ

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2013年 06月 13日

ショウジョウバエの脂肪酸合成酵素群の配列をまるっと欲しい場合

特定の機能に関連した遺伝子の配列がまるっと欲しい気持ちになることがしばしばあります。
そういうときはKEGGを使うのがいいよって教えていただいたのでときどき使っています。
例えば、ショウジョウバエの脂肪酸合成酵素群をまるっと欲しいときは、

KEGG pathway maps のメニュー(以下リンク)を開く
http://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?query=00061&htext=br08901.keg&option=-a

脂肪酸合成パスウェイが見たいので"fatty acid biosynthesis"をクリックして開く(以下リンク)
http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?map00061

"Reference patheway" のところをクリックしてショウジョウバエの選んでG0をクリック(以下リンク)
http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?org_name=dme&mapno=00061&mapscale=&show_description=hide

脂肪酸合成パスウェイのうち、ショウジョウバエで見つかっている物は緑色に塗られています。
緑に塗られているところをクリックするとそれらの配列を見ることができるので、それをポチポチコピペしていけば脂肪酸合成パスウェイ上の配列を集めることができます。



でもやりたくないです。
30個くらいやるのに1時間かかったことあるし。
twitter で聞いたら@nonshu さんが教えて下さったのでまとめました。


マップの番号が00061であることは分かっています。(マップの左下に書いてある)
キイロショウジョウバエの略称はdmeなので(マップ上のどれか適当に選んでクリックして配列のファスタのヘッダーに書いてあるのがそれ。例えば、">dme:Dmel_CG11198 ACC; Acetyl-CoA carboxylase (EC:6.3.4.14 6.4.1.2); K11262 acetyl-CoA carboxylase / biotin carboxylase [EC:6.4.1.2 6.3.4.14] (A) "。)

基本URL1[http://www.genome.jp/dbget-bin/get_linkdb?-t+genes+path:]のおしりに[dme00061]をくっつけてURLを書きます。

例)http://www.genome.jp/dbget-bin/get_linkdb?-t+genes+path:dme00061

すると、IDとDefinition がでてくるのでIDだけコピペして+で繋げます。
例)dme:Dmel_CG11198+dme:Dmel_CG12170+dme:Dmel_CG17374+dme:Dmel_CG3523+dme:Dmel_CG7842

それを、基本URL2[http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?-f+-n+a+]のおしりにくっつける。

例)http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?-f+-n+a+dme:Dmel_CG11198+dme:Dmel_CG12170+dme:Dmel_CG17374+dme:Dmel_CG3523+dme:Dmel_CG7842

リンク先に欲しい配列がファスタフォーマットで待ってます。

もし塩基で欲しい時には、aをnに変えます。
基本URL3[http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?-f+-n+n+]のおしりにIDをくっつける。

例)http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?-f+-n+n+dme:Dmel_CG11198+dme:Dmel_CG12170+dme:Dmel_CG17374+dme:Dmel_CG3523+dme:Dmel_CG7842

リンク先に欲しい配列がファスタ形式で待ってます。


はやく迎えに行ってあげて





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by koretoki | 2013-06-13 19:52


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