2011年 05月 24日

D.m.由来セルラインの発現比較

キイロショウジョウバエのセルラインは生物学的な資源として貴重な存在です。それらが、どのような遺伝子を発現しているのか、著者らはマイクロアレイと次世代シーケンサーを用いて調査しました。

Lucy Cherbas, Aarron Willingham, Dayu Zhang, et al.
The transcriptional diversity of 25 Drosophila cell lines
Genome Res. 2011 Feb;21(2):301-14. Epub 2010 Dec 22.

25のセルラインについてしらべた、結果、発現しているものが以下の様であるとしています。
・64%の遺伝子は少なくとも一つのセルラインで発現していたが、21%の遺伝子だけが全てのセルラインで発現していた。
・それぞれのセルラインは平均5885の遺伝子を発現していて、3109個は共通していた。
・ほとんどのdifferentiation pathwayはoffであり、いくつかのdifferentiation pathwayとgrowth pathwayがonであった。
・それぞれのセルラインで発現しているだいたい50%の遺伝子は一般的なセットではなく、それらが個性を示しているかもしれない。
・31%の遺伝子は少なくとも一つのセルラインで発生上のどのステージより高い発現を示しており、このことは、それぞれのセルラインが細胞の小さいセットの遺伝子の特性に富んでいる事を示唆する。

さらに、成虫盤由来のセルラインについて、それぞれのセルラインが由来する成虫盤上の部位のマーカーとなる遺伝子を発現しているかを調べたところ、セルラインの発現パターンは、由来である発生中の成虫盤の小さな範囲の遺伝子発現パターンと一致していることが明らかになりました。転写因子独自に発現しているセルラインは見つからず、これらの結果から、それぞれのセルラインは始祖の細胞の特徴を維持しながら、一般的な"cell line"の遺伝子発現パターンを合わせ持っていると結論づけました。


Entdifferenzierungは無いということか…
そうかなぁ


人気ブログランキングに参加しています。
応援よろしくお願いします。
FC2 Blog Ranking

[PR]

by koretoki | 2011-05-24 02:22


<< オートファジーがアポトーシスを防ぐ      次世代解析の特に比較に便利なR... >>