したっぱ昆虫細胞研究者のメモ

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2011年 05月 05日

エサでメチレーションが変わってスプライシングも変わる:ミツバチ

Frank Lyko, Sylvain Foret, Robert Kucharski, Stephan Wolf, Cassandra Falckenhayn, Ryszard Maleszka
The Honey Bee Epigenomes: Differential Methylation of Brain DNA in Queens and Workers
PLoS BiologyNovember 2010 | Volume 8 | Issue 11 | e1000506

ミツバチは行動と繁殖の異なる2つのカースト、ワーカーとクイーンがいます。著者らは、エサ依存のphenotypesが脳のメチロームと相関を持ってるか持ってないかを調べるために、ワーカーとクイーンの脳のメチロームをショットガンバイスルファイトシーケンシングで調べました。

実験には、50頭の産卵してるクイーン(2.5wk old)と、15頭の8-d-oldのワーカーが用いられました。DNAを抽出し、バイスルファイト処理した後、GAⅡxでシーケンシングしました。データは131 million reads, 18.8Gb(10.2Gbクイーン, 8.6Gbワーカー)で260Mbのゲノムに対してx20のカバレッジでした。マッピングはBSMAPを使いました。68.5%がユニークにマップされました。数学的なことはRでやりました。だいたいBenjamini and Hochbergのやり方に従って統計しました。ESTと予測データベースをMysqlでつくり、Gbrouseで見たりしました。

550の遺伝子について、ワーカーとクイーンでメチレーションパターンが違ってました。454を使って8遺伝子について検証もしました。特にGB18602という遺伝子では、スプライシングとメチレーションの間に相関がありました。

こっちはBSMAP使ってますね。
擬陽性の問題があまり語られてないので、SOAPalignerよりこっちのがやっぱりいいのかも?

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by koretoki | 2011-05-05 19:33


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